この新しい情報は、共著者である若山照彦山梨大学教授によってもたらされた。だが若山教授も、くだんの画像データは見ていないという。さらに、数理解析を行わずに目視で切り貼りしたため、データに整合性がなくなるなどの問題点も指摘された。
もう一点、捏造と認定されたテラトーマ画像は、学位論文の研究時に撮影されたとみられる「物理的刺激によってできたSTAP細胞によるもの」で、今回の論文の中核テーマである、弱酸性の液体に浸してできたSTAP細胞ではない。中核テーマを証明する写真を取り違えるなど、科学者でなくても信じることは難しい。
調査委員会でも、データ管理のずさんさとともに取り違えが起きるほどの類似性はないと指摘。また、テラトーマを取り出したのが2012年1月24日、免疫染色解析の実施が6月9日と時間があきすぎており、せっかく得た新しい画像を使わず、6月CELL誌、7月サイエンス誌に投稿している点も理解しがたいとしている。
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