2011年7月の豪雨災害により、会津若松(福島県)―小出(新潟県)間135.2kmを結ぶJR只見線は、途中の会津川口―只見間(以下「休止区間」)27.6㎞が長期運休となっている。
この休止区間について、復旧後に福島県が線路などの施設を保有する「第三種鉄道事業者」、JR東日本が列車運行を行う「第二種鉄道事業者」として、いわゆる上下分離方式で存続する旨の合意が、2017年6月19日にJR東日本と地元自治体との間で成立した。
すでに同様の上下分離方式を取り入れている鉄道は存在する。比較的輸送量が多かったり、優等列車や貨物列車などの運転があったりするにもかかわらず、列車を運行する鉄道事業者が施設まで保有していると収支均衡が図れないという場合、重要な公共交通機関である鉄道を維持するために上下分離方式を採用することは有効である。
しかし、只見線の前途は厳しい。
1日1km当たり利用者は370人
JR東日本の資料では、1日1km当たりの利用客数を示す平均通過人員は、2010年の数値で同社の在来線67線区中66位の370人(67位は2014年廃止の岩泉線)と発表されており、その中でも休止区間は49人とさらに少ない。定期旅客列車の運転本数も、不通になる直前は1日3往復のみだった。
災害による休止区間の2009年度の収支は、営業収益500万円に対して営業費が3億3500万円。このうち線路の保守経費が2億8000万円、信号・電気設備の保守経費が3800万円とされており、経営環境は非常に厳しい。
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