天正6（1578）年に別所吉親は評定の場で、秀吉の振る舞いを激しく批判した。『播磨別所記』には、次のようにある。
「羽柴秀吉がこの地に入り、勝手な振る舞いをしている。このままでは災いがやがて我が身に及ぶことになるだろう」
吉親はかねてから毛利びいきで、出自の低い秀吉に従うことを屈辱に感じていたらしい。
別所氏に謀反の動きがあると知った秀吉は、このときに陣営内にいた重棟を三木城へと派遣。吉親を説得させようとするが、長治にとってともに叔父にあたる、この2人の兄弟は不仲だった。
というのも以前、弟の重棟がちょうど京にいたときに、三好三人衆に将軍御所が襲撃される。重棟は三好三人衆らとの戦いで活躍し、将軍の義昭から賞賛されたという。
そこまではよかったが、それ以後、重棟は増長して、何かと兄の吉親を軽視するようになったという。そんな弟の重棟が信長につき、秀吉にも従っていることが、吉親には許しがたかったようだ。
吉親の影響を受けて、長治もまた、重棟の再三にわたる説得を拒絶。毛利輝元の誘いに乗じるかたちで毛利方に転じて、信長方から離反する道を選ぶ。
天正6（1578）年2月、長治は近隣の地侍や農民とともに、三木城に籠城することとなった。
三木合戦の最中に意外な男が裏切る
天正6（1578）年3月29日、秀吉は三木城包囲を開始する。川と高地に囲まれた三木城を攻め落とすにあたって、秀吉はまず補給路を断つべく、約40か所に及ぶ「付城（つけじろ）」を構築。支城を次々と落としていった。その間、東へ進軍した毛利軍によって、秀吉方の上月城は陥落する。
当初は長治が優勢だったが、補給路を断つ秀吉の作戦が次第に効果を発揮する。三木城は周囲から孤立していく。
ところが同年10月、思わぬことが起きる。秀吉軍に従軍していた荒木村重が「三木合戦」の最中に戦線を離脱。居城であった有岡城に帰城すると、毛利氏について籠城したのである。10月21日には、村重の逆心が信長の耳に入ったようだ。
