8時41分には、指令所とiryo6076便の運転士が個別に連絡を取っており、その中でも指令所は「通常通り」の運行を再開するように指示している。ところがiryo6076便は、この時点でLZBのリセット（解除）が完了できておらず、停車したままだった。8時48分には、iryo6076便の乗務員が指令所へ、システムを再起動できずまだ停止した状態であることを告げている。
この時点で、指令所がAVE2080便の運転士へ停車を指示していれば、追突は回避できていた可能性は高かっただろう。しかし実際には何の指示もないままAVE2080便は加速を続け、もともとは25km離れていたiryo6076便との距離はみるみる縮まっていった。
運行再開の指示が出された17分後の8時53分、AVE2080便は前方で停車していたiryo6076便に衝突した。衝突時、AVEの速度は時速180～200kmに達していた。
なぜ「通常通り」運行再開を指示？
現時点で不可解なのは、なぜ指令所はLZBが復旧していないにもかかわらず「通常通り」の運行再開を指示したのか、という点だ。
これについては、指示を出したAdif（スペイン鉄道インフラ部門）のオペレーターによるミスが指摘されているが、このオペレーター以外にすぐ隣には同僚と上司がいたものの、誰もそのミスに気が付かなかった。
実は、マドリード方面へ向かっていた別の列車（iryo6011便）の運転士は、指令所に対して徐行運転が必要ではないかという確認を行っており、その運転士は指令所の指示には従わずに徐行運転していた。同じくマドリード方面に向かっていた別の列車、AVE2061便とAvant8081便も徐行運転しており、AVE2061便は前方で発生した事故を目視で確認、緊急停車して難を逃れている。停止位置は事故現場の約2～3km手前であった。
